ドリームワークスの人気アニメ「マダガスカル」シリーズに登場した「ペンギンズ」を主役にしたスピンオフ作品。かつて動物園でペンギンズに人気を横取りされたことに恨みを抱くタコのデーブが、人間の姿をしたオクト博士に変身し、世界中のペンギンたちに復讐しようと計画していた。その企みを知ったペンギンズの隊長らは、一世一代の任務を決行する。監督を「マダガスカル」のシリーズ3作を手がけたエリック・ダーネルが自ら務めた。英語版のオリジナル声優にはベネディクト・カンバーバッチ、ジョン・マルコビッチら豪華俳優陣も参加している。
Skipper, Kowalski, Rico and Private join forces with undercover organization The North Wind to stop the villainous Dr. Octavius Brine from destroying the world as we know it.