OVA「トップをねらえ!」などで名を馳せたガイナックスがアニメの実製作を担当したTVシリーズ。ベルヌの海洋冒険小説『海底2万マイル』が原作だが、主人公など本作のために新規に作られている。19世紀末、各国の船が沈められる怪事件が続いた。そんな中パリ万国博を訪れた発明好きの少年ジャンは、サーカスで働く少女ナディアに一目ぼれ。謎の3人組にナディアの持つ青い宝石が狙われるが、やがてジャンと彼女の前に潜水艦ノーチラス号の影が…。
1889 год. 13 лет назад в королевстве Тортес произошёл государственный переворот, в ходе которого было уничтожено древнее оружие под названием Вавилонская Башня, управлявшееся одним из камней Голубая Вода и способное истребить всё живое на земле. Вместе с оружием погибло и королевство.
Выжившие разбились на две враждующие секретные организации — Нео-Атлантис, возглавляемый бунтовщиками, пользующийся поддержкой императора Нео и ставящий целью захват мира, и Наутилус, возглавляемый королём Тортеса, Немо. Теперь трио злодеев охотится за камнем Голубая Вода и его хранительницей Надей, ещё не знающей, что за артефакт она носит.
In 1889, the world is on the cusp of great discoveries in technology. While mankind is reaching for the future, a sinister foe known only as Gargoyle, obsessed with restoring the former Atlantean empire to the glory it once held, begins his plans to take over the world. Nadia, with the help of a young inventor, Jean Lartigue, and Captain Nemo of the submarine Nautilus, must fight to save the world from Gargoyle and Neo-Atlantis. Based on the novel 20,000 Leagues Under the Sea by Jules Verne.