太平洋戦争後、GHQによって解体された忍者組織は、紛争やテロの時代になり消滅したかに見えたが、再び多くの忍者が日本国内の官民、あらゆる組織に潜伏し、暗躍していた。その数は約20万人といわれ、忍者は現在も日本に存在している。しかし、末端の忍者によっては職にあぶれ、ニート同然の生活を送っている者もいた。その中の一人、雲隠九郎はある日、上からの指示で、最新鋭の装備と共にある高校への潜入の依頼を受ける。
A high school loner is given the part-time job of a lifetime as a modern-day ninja tasked to perform international assassinations. After World War II, Allied Command in Japan developed a new agency to help manage terrorism and violence within the Pacific region. The agency was staffed with ninja and they were initially tasked to handle domestic affairs. Eventually that program grew to its current form, managing 20,000 ninja across a range of domestic and international affairs. One of those ninja happens to be Kurō. The seventeen-year-old high school loser is now poised to be the next line of defense against a potential surge in foreign assassins invading Tokyo.
