1980年に『なかよし』に連載された同名コミックを、これが「ゲド戦記」に次ぐデビュー２作目となる宮崎吾朗監督で映画化した長編アニメーション。1963年の横浜を舞台に、学生運動に身を焦がす若者たちの姿と、出生の秘密に揺れる一組の男女の恋の行方をノスタルジックに綴る。
1963年、横浜。港の見える丘に建つ古い洋館“コクリコ荘”。ここに暮らす16歳の少女、松崎海は、大学教授の母に代わってこの下宿屋を切り盛りするしっかり者。あわただしい朝でも、船乗りの父に教わった信号旗（安全な航行を祈る）をあげることは欠かさない。そんな海が通う高校では、歴史ある文化部部室の建物、通称“カルチェラタン”の取り壊しを巡って学生たちによる反対運動が起こっていた。ひょんなことから彼らの騒動に巻き込まれた海は、反対メンバーの一人、風間俊と出会い、２人は次第に惹かれ合っていくのだが…。
Umi Matsuzaka, the eldest sibling in a close-knit family of five, raises a pair of signal flags everyday at her seaside house in Yokohama Bay without fail in anticipation of the return of her father, who went missing in action during the Korean War. In school, Umi finds herself involved in a student movement seeking to prevent the demolition of an old club house. In the process, she falls in love with the newspaper club member Shun Kazama, only to find out that they might be related by blood.
